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Mother Brain ist die Anführerin der Weltraumpiraten, sie wurde einst von den
Chozo erschaffen. Ihr Aussehen erinnert entfernt an eine
Aurora-Einheit, einem Computer der Galaktischen Föderation. Sie könnte so etwas wie ein Prototyp sein. Sie ist ein Verteidigungssystem von
Zebes und nur in
Tourian zu finden. Dort ist sie in einem Glaskasten, beschützt von einigen Kanonen. Im Original-
Metroid verteidigt sie sich auch selbst, wenn das Glas gesprengt wurde, in
Super Metroid tut sie das nicht mehr. Dafür hat sie dort einen Körper, und kann erst mit Körper angreifen. In diesem Zustand kann sie einen extrem vernichtenden Strahl, Bomben und kleinere Laserstrahlen abfeuern. Den Regenbogenstrahl überlebt
Samus storyeventmäßig, denn Mother Brain sammelt Kraft für einen zweiten Strahl, den aber der Baby-
Metroid absaugt und die Energie an Samus weitergibt. Dadurch erhält sie den
Hyper Beam, welcher Mother Brain schnell erledigt. Danach sprengt Mother Brain Zebes endgültig.
